杨茂元的奏议上呈朝廷后，下工部议。工部回奏称：“治水患，恤民隐，俱朝廷重事。茂元所言，取回差官人匠，乞为裁处。其欲止滚水坝，请行典等，会议处置。河南之民，阻筑河堤，亦请行巡抚等官禁约。”皇帝要求工部会官议处以闻，于是工部会多官廷议，“以为自兴等至张秋之后，始与大夏相地势水势所宜，即决口西南，开越河一道，致粮运可以通济。且今霜降水落，正系修筑之时，而调到官军民夫数多，亦正可并工修筑。请仍令兴、锐、大夏同心协力，务底成功，仍惜财恤民，减省冗费。严禁所部人匠，不许生事害人。其工役人等，加意抚恤，毋致失所。河南之民，该管有司不行禁止者，一体治以重罪”。皇帝认为成大事者不惜小费，同意工部意见(512)。也就是说，只有治河建议得到了采纳。

不过，第二条意见得罪了张后与太监们。李兴等反告杨茂元所奏皆妄说，张后下巡抚都御史熊翀、巡按御史王槐勘实。两御史回奏，称所奏供亿，多过其实。“焚帛之异，在始祭一日，特形似。偶然日费之数，盖有司所拟，以备不足。茂元得之传闻，遂为地方过虑，其实廪饩之外，兴等未尝过取。而茂元于兴等，亦非讐诬，第所奏工食银数，以少为多，不能无罪。”(513)刑部因请下御史逮问，皇上不允，命执送锦衣卫狱。锦衣卫百户胡节受命，往山东逮捕杨茂元。山东父老半路遮道诉告胡节，乞还杨副使。见到皇帝，杨茂元长跪，不肯下伏。皇帝大怒，置之诏狱。胡节遍叩中官，备言父老诉冤状，中官多所感动(514)。外廷刑科都给事中庞泮等言：“茂元身居风宪，过虑地方，偶有一得之愚，遂为三事之献。乃者千里械系而来，大班反接而见，无异累囚。陛下所以处茂元者，虽未究厥终，而一絷见之间，已不胜其辱矣。本为纳忠而反以速祸，本为报国而反以辱身。区区一茂元，固不足惜，但恐人人自危，括囊相戒，保位持禄，谀佞成风，甚非国家之福。”北京十三道御史并南京十三道御史，亦论救之。杨茂元被狱具在刑部，刑部原拟杨茂元“赎杖还职”。结果皇帝内宫传旨出来，“茂元奏事不实，降二级，调别任”(515)。于是，杨茂元被降为湖广长沙府同知。

杨茂元为什么会大胆上疏？《明孝宗实录》提供了一种版本，称：“初，茂元病痔，漏剧。自分不复能仕，乃锐欲掠名而去，将与巡按御史攻讦，又谓其不足异。会李兴絷辱按察正官，茂元适代视篆，惧其波及，遂密遣人奏之。从父守阯时在翰林，欲沮之，弗得。既谪，病良愈，始复悔之。”(516)因为生痔疮严重，怕无法再做官，于是借此一博。实录这一说法有以小人之心度君子之腹嫌疑，不合实情。杨茂元“生平倜傥有胆略，见义当为，毅然为之不目顾”(517)。他的国家责任心太重太急，才是上奏的内在原因所在。也因为心急，未经周密调查，就匆忙上奏，导致部分信息失实，从而给人留下把柄。当时廷议谓《三事疏》与文懿《讲学听政疏》，实相表里而剀切过之，所谓有是父必有是子也(518)。这样的评判是准确的。程敏政作诗：“文懿家声却有光，喜从郊野见孤凰。许身价抵千金重，爱国心随万里长。九辩赋存堪侑席，贰车官好胜监仓。当今圣主恩如海，刻日鸣珂入建章。”(519)罗玘（1447—1519）作诗称：“玉堂昼静学士下，白云司闲主事归。一家父子聚言语，今日朝廷公是非。爱尔为人支矮屋，从渠攘臂著绯衣。镜川先生真不死，太传忠魂亦有依。”(520)

杨茂元到长沙以后，非常敬业，抵府即署事。当时长沙百姓正面临饥荒。杨茂元常常想“宽一分，则民受一分之赐，故革驿传之包当，禁属邑之馈送，却屋税以支应，量地方以供祀，要以省民已耳”(521)。醴陵的渌江桥通七省，交通位置显要，自李唐来，已有七墩立江中，架木其上。杨茂元到任不久，桥毁，百姓只能用舟摆渡，结果经常出现人被水所溺现象。杨茂元听说后写文劝谕大家，并且率先蠲俸，倡导大家捐资。百姓高兴地响应，不久，所募资金上千。杨茂元将全部资金移交给醴陵知县。后醴陵知县因丁忧离任，后任不重视，这笔资金被“官贷民侵”，结果大桥一直无法重建(522)。除了想修桥，还重视文化工作，以兴起斯文为任，为岳麓书院建尊经阁、极高明亭，表章隐德。又考朱文公年谱，“凡事系长沙者，分以八题，题以篆勒，谱以楷录，亲为之赞，赞以隶书，皆手笔也”(523)。嘉靖五年（1526），长沙人将杨茂元等六位对岳麓书院建设有贡献的地方官列入“六君子祠”加以祭祀(524)。

弘治九年（1496）左右，杨守阯遇湖广按察使林俊（1452—1527）(525)，一起小酌，问及侄子消息，十分感怆，作《寄从子茂元》：“我怀孤侄在长沙，天北天南各一涯。为问同年外台客，不知何处郡丞衙。”(526)朝廷移文湖广，要求杨茂元出任安庆知府，两年没有回应。弘治十一年（1498），杨茂元以病重，乞归。杨守阯作《从子茂元同知得请致仕》，称：“董宜处地犹强项，陶令归田懒折腰。……彼谗有待投豺虎，还待忠良翊圣朝。”(527)此后，吏部及抚按诸司皆下檄浙江省，希望劝驾，杨茂元不为所动。“家居五年，绝意仕进，言官论荐者无虑数十疏。”(528)由此可知，至弘治十六年的五年间，杨茂元一直在宁波。

弘治十六年（1503），因尚书马文升（1426—1510）的推荐，杨茂元起为安庆知府。杨守阯作《拟茂元调知府得旨俞允闻喜》：“启事迁官荷德音，传闻中外惬人心。旧持宪节风凛，新命专城雨露深。……不知五马临何处，得过南都会竹林。”(529)六月，杨茂元上任前，来南京看望小叔，流露出辞官之愿。杨守阯复加勉励，作《六月望，茂元至南京，欲乞休致，予勉留之》：“遥忆长沙千里驹，俄看玉树在庭除。江东久旱甘霖至，林下清风溽暑袪。尊酒相逢吾老矣，清朝未许子归与。愿言更竭涓埃报，解组还乡学二疏。”(530)

杨茂元上任非常另类，关凭至，知府伍符率僚属诸生抵庐州迎接，责以大义。结果，杨茂元只携带了两个仆人去上任。地方志称杨茂元安庆知府任内，“文章政令，炳然可观。勤恤民隐，小歉则赈，小沴则祷”(531)。安庆府许多地方容易着火，大白天就会起火，军民均感头痛。杨茂元为文，责备城隍，结果火患弭息了。安庆连年灾旱，杨茂元吃斋素，徒步恳祈，雨果然大注。平时活动相当俭约，“然应祀神宇，则竭力营治。他如旌贤坊忠节祠，城垣衢路，罔弗修缮。其却盐税，逐倡优，奏减胡羊价银，及革天下税课司之在州县者，尤有裨于民。”(532)因弘治十七年下大雨，十一月，知府杨茂元上奏：“本府水旱连年，乞存留兑军正米四万石，以备明年赈济。湖广岁额，本府粮二万石，宜趣起运，以济军饷。如道路险远，许胡羊折色，每石银五钱。”户部覆奏，从之(533)。十二月，入觐，吏部尚书马文升对众人说：“若杨某者，天下第一知府也。”

经过南京时，杨茂元再次看望叔父杨守阯。

约在南京这段时间，杨茂元遇见幼时同学吕。吕“感今怀昔，情见乎词”，作诗称：“去国行囊一叶微，敢言那问是还非。潮来西涧舟横渡，月照故宫花满衣。往事只须浮白醉，高官或与汗青违。何能便逐鸱夷伴，湖水烟蓑共钓矶。”(534)

弘治十八年五月，武宗即位，检讨刘瑞复请诏杨茂元，称：“茂元以直言获罪，宜诏复原官。”六月，升为广西右参政。杨守阯作《次韵喜侄茂元宪副蒙诏对，原品调任》：“齐楚行台两建衙，长沙一谪几年华。……明时事与古先别，铁树春回已放花。”(535)在广西，杨茂元“风采益厉”。当时，思恩府土官岑浚(536)攻打田州土官岑猛，贻患地方。正德元年（1506），朝廷命“三府”进兵十万余，平岑浚。朝廷下诏，改思恩、田州二府土官为流官，降岑猛为福建平海卫千户。结果，岑猛不服，拥兵自治，势甚猖獗。杨茂元亲临其境，谕以祸福，岑猛解释说：“不便远迁故耳。”杨茂元说：“是不难，即今鱼窝等寨苗贼背叛，汝能备兵从讨，以功赎罪，吾将奏请，为尔免迁。”岑猛即叩头，愿照此办。马平县五都的鱼窝寨等，属柳州庆远猺獞（今称瑶族、壮族），其酋长韦朝宣等叛乱。“三府”将此情况上报，朝廷敕令出兵征剿。乃协同将官，剿破鱼窝寨等地。事定，杨茂元上奏，免岑猛远迁福建。广西况村(537)黄文昌兄弟三人一直是思明府的祸患，正德二年（1507），两广总督陈金乃委同总兵官相机抚剿。黄文昌听说后，面缚乞降，于是徙黄文昌于外地，其党平定(538)。

正德三年（1508），杨茂元请求回家养老，朝廷没有回复。正德四年（1509），刘瑾差遣御史孙迪校勘钱谷，查盘广西布政司库，各道皆措银千两以馈瑾，杨茂元置若罔闻。同乡谢廸规劝说：“无千金，难免桎梏之祸，盍审图之？”杨茂元对曰：“千金之馈，非盗官帑，即剥民脂。以此自救，是谓无妄之灾。而犯有名之律，谴将益深，谓之智可乎？”誓死不为。这年夏，吏部拟进杨茂元为江西右布政使。当时，刘瑾恨杨守随，遂矫旨，夺了杨茂元官，令致仕。杨茂元也自得其乐，给儿子信称：“昔求之不得，今不求而得之，喜可知矣。”当天即买船回宁波(539)。回家后，“屏居玉堂洞山”(540)。

正德五年（1510）九月，因刘瑾诛，起任江西左参政。适宁王朱宸濠（？—1521）横行霸道，不过宸濠因其盛名在外而有所惧怕，请以羡余储库。杨茂元说：“此小物也。”就同意了。

正德六年（1511）正月，升云南右布政使，未至，不久转左布政使。正德七年（1512）三月左右，安南长官司（今云南蒙自县老寨乡老寨村大黑山西麓）土舍（土司属官）那代作乱，朝廷派兵征剿，破其寨，擒那代并其党七十余人，斩首三十七级(541)。杨茂元馈饷有方。事后，关心伤者，给帑医治，士兵十分感激。司库有余银几百镒，称为“无碍钱”，吏员有要求就可支取。杨茂元觉得不合适，称：“此正枉法赃也，乌得无碍？”于是一一登记在册。当地有大理奇石等特产，杨茂元一切不取。

正德七年（1512）三月，升都察院右副都御史(542)，巡抚贵州地方，兼理军务，奉敕兼制四川酉阳、湖广湖北诸道，讨平篁子坪诸苗。了解情况以后，杨茂元“以为兵粮已集，事贵神速。若需交承，寇有备矣”(543)，于是驻扎湖、贵中部边界，遣将募兵。不一月，寇悉奔溃，取得大捷。事后，杨茂元做了很多善后工作，减轻平民的受伤害程度。他的治理风格，“惟以镇静安集为主”(544)。据《武宗实录》，八月，改杨茂元为南京都察院管事，新巡抚沈林至。不过，杨茂元仍在贵州，因为有案在身，讨平篁子坪诸苗时，为了方便，擅自“置造旗、牌各五”。十月，工部议覆：“旗牌必奏乃给。茂元未请擅造，宜量罚之，并毁其所造。”皇帝“宥其罪，仍夺俸三月”(545)。其年冬，遣人数敕，始抵贵州。杨茂元以疾归浙江，要求辞职，朝廷不许。

正德八年（1513）九月，升南京兵部右侍郎。久之，始赴任。正德九年（1514）九月，转刑部左侍郎，为正三品官。杨茂元累辞，朝廷不许，只得就任。任职期间，与刑部尚书张子麟（1459—1546）、侍郎冯清同心弼教。张子麟盛赞杨茂元有“古人风，吾辈所不逮”(546)。正德十年（1515），兵部录贵州功，杨茂元得赐白金二十五两，织文、纻丝二表里。正德十一年（1516）二月，杨茂元又想辞官，朝廷不允。八月二十七日，以疾卒于北京，享年67岁。这样的客死北京结局，与其父亲杨守陈十分相似。实录称杨茂元：“持宪有风节，台谏多论荐者。及晚年衰老，依违不能早引决以去，士论少之。”(547)这样的评价是不公正的，从以上的叙述可知，杨茂元并不恋职，屡次要求辞职，只是朝廷不同意而已。杨茂元“少登高第，跻膴仕，人不见色喜。中遭偃蹇，屈下僚，略无怨悔”(548)。这样的评判才是公正的。

杨茂元“问学宏博，为诗文飘逸俊丽”，有《麟洲存稿》若干卷，可惜没有传下来，只有片言只语见于家谱等文献。尤工书法，隶、篆、草书均擅长。“其草书，士夫家多以为珍玩。张都谏弘谓其字画遒劲，匪特临池之功，抑亦正气随寓而见也。”(549)这样的评价是不为过的。张都谏弘，即都给事中张弘至，为华亭书法家，擅长草书。

杨茂元孝友天至。“凡往吊有丧者之家，虽数十里不烦。其饮食，岁遇祖父母、父母讳辰，必斋素终日。丧祭悉遵家礼，成（杨）文懿未就之志，与碧川拓始祖及五世祖墓地，树碑益田，以时享之。从弟二人，蚤失怙恃，抚爱周至。长求分异，乃垂泣，谕以长策，不可回，以文懿所遗田若干亩与之，仍岁给俸余，以为常。贵州有吏单兴者，邻邑人也，故窘不能还，妻子号诉，携之抵其家，道里之费弗计也。其义举懿行类此。”(550)在西杨，至清中叶，尚存长公大司寇第。